15 grudnia 1987 roku biskup gdański Tadeusz Gocłowski erygował parafię św. Brata Alberta w Gdańsku Przymorzu, w której granicach znaleźli się mieszkańcy wschodniej części tej dzielnicy. Proboszczem nowej wspólnoty został ks. Eugeniusz Stelmach. Był to czas, w którym diecezja gdańska przeżywała spotkanie z Maryją w peregrynującej po Polsce kopii cudownego obrazu Matki Bożej Częstochowskiej. Aby godnie przyjąć Czarną Madonnę, parafianie pod kierownictwem mgr inż. Konrada Muszyńskiego w ciągu zaledwie trzech tygodni zbudowali kaplicę. Pracę budowniczych wspierali swoją modlitwą pozostali wierni, uczestniczący w misjach świętych w kościele Matki Bożej Królowej Różańca Świętego na Przymorzu.
1 marca 1988 roku powitano obraz Matki Bożej Częstochowskiej w kaplicy św. Brata Alberta. W krótkim czasie do kaplicy dobudowano sale katechetyczne i mieszkania dla pracujących tu kapłanów. Równocześnie architekt Stefan Grochowski przygotowywał projekt kościoła i sąsiadującego z nim kompleksu duszpastersko – mieszkalnego. Natomiast projekt konstrukcyjny, przewidujący oryginalne rozwiązania m. in. samonośnego dachu opartego wyłącznie na ścianach bocznych, wykonał prof. Jerzy Ziółko z Politechniki Gdańskiej. Do budowy kościoła przystąpiono w 1991 roku pod nadzorem geodezyjnym Ryszarda Puszko. Prace w zasadniczej części prowadzone były systemem gospodarczym. Budowa stała się istotnym elementem integrującym wiernych, co objawiało się m. in. tym, że najaktywniejsi budowniczowie służyli w każdą niedzielę do Mszy świętej, z czasem tworząc grupę ministrantów – seniorów.
W przerwie technologicznej podczas budowy kościoła, przewidzianej na tzw. ułożenie się ścian i fundamentów, rozpoczęto budowę domu parafialnego, którego poświęcenia dokonał w 1993 roku metropolita gdański arcybiskup Tadeusz Gocłowski. W domu tym przewidziano zarówno pomieszczenia katechetyczne, kancelarie parafialną, jak i mieszkania dla księży oraz klasztor dla sióstr zakonnych.
5 i 6 października 1996 roku wspólnota św. Brata Alberta przeżywała spotkanie ze św. Wojciechem już w nowo wybudowanym kościele. Upamiętnia to potężny dębowy krzyż misyjny ustawiony przed kościołem.
Osiem miesięcy później, 17 czerwca 1997 roku odbyła się uroczystość poświęcenia kościoła przez arcybiskupa Tadeusza Gocłowskiego. Dokonał on też wmurowania aktu erykcyjnego i kamienia węgielnego, przywiezionego w 1987 roku z Kalatówek przez ks. Tadeusza Polaka. Warto dodać, że kamień węgielny został poświęcony 12 czerwca 1987 roku przez Ojca Świętego Jana Pawła II podczas pamiętnej Mszy świętej na Zaspie.
